Ο Πέτρος Μαρκαντωνάτος γεννήθηκε στη Μελβούρνη της Αυστραλίας από Κεφαλονίτες γονείς. Αποφοίτησε από το RMIΤ με πτυχίο Εφαρμοσμένης Βιολογίας και Βιοχημείας, και ολοκλήρωσε το μεταπτυχιακό του στη Βιοχημεία και Yeast Engineering στο πανεπιστήμιο του Sussex στο Ηνωμένο Βασίλειο πριν επιστρέψει στη Ελλάδα.